Il est arrivé à l'ASSE en 2021, en provenance d'Evreux Football Club 27. Le milieu de terrain Moussa Sissoko (19 ans, génération 2006), l'homonyme de l'international formé à Toulouse, a passé trois ans au centre de formation stéphanois. Il a quitté les Verts en juin 2024. Après une saison 2024-2025 à Quevilly Rouen Métropole, il revient au sein de son club formateur qui opère en R1. 

Durant les trois années passées au Centre Robert Herbin de l'Etrat, Moussa Sissoko a évolué avec les U16 sous la direction de Kevin De Jesus (saison 2021-2022 : 16 matchs, 1 but), puis avec les U17 nationaux de Patrick Moreau (13 matchs, 1 but) et enfin avec les U19 nationaux du même Patrick Moreau (7 matchs)