Le 2 janvier, le club annonce sur son site officiel les prolongations de contrat de Blaise Matuidi, convoité par Arsenal, de Bafé Gomis, annoncé en Angleterre et désiré par Marseille, ainsi que de Mouhamadou Dabo, qui était la priorité du mercato de l’OL. Les trois joueurs, internationaux en puissance, assurent qu’ils sont désormais déterminés à faire remonter le club au classement, ainsi qu’à réussir un beau parcours en coupes (UEFA + Coupe de France), à commencer par le lendemain à Bordeaux.

Le 3 janvier, au terme d’un match épique (2-2 à la fin du temps réglementaire et 4-4 après la prolongation), les Verts s’imposent aux tirs au but au Stade Chaban-Delmas. Au cours de la conférence de presse d'après-match, Roland Romeyer se mord grièvement la langue, le lendemain, les médecins du club annoncent qu'il ne pourra plus parler avant début janvier prochain.
Dans les autres matchs, éliminations de Paris, Lyon et Marseille.

Le 17 janvier, au soir d’une large victoire face au Mans, marquée par le premier but de Daisuke Matsui en Vert, les Stéphanois enchaînent trois victoires en championnat pour la première fois de la saison puisqu’ils avaient battu Sochaux le week-end précédent. Ils sont désormais 13° au classement. Le derby face à Lyon s’annonce somptueux face à un OL blessé (sorti de la Coupe par Concarneau et relégué à la 3° place de L1 après une défaite à domicile contre Lorient et un nul à Grenoble). Jean-Michel Aulas demande à la Ligue le report du match, prétextant un concert de Nadiya le même jour à la Halle Tony Garnier, la demande est rejetée immédiatement.

Le 24 janvier, 16èmes de finale de la Coupe de France, les Verts éliminent sans forcer le dernier représentant de l'Outre-Mer Jeanne d'Arc Le Port, club réunionnais, grâce à un quintuplé de Dimitri Payet, qui déclare : « Moi je suis de Saint-Pierre, les gars de l'équipe du Port sont nos rivaux éternels, j'étais super motivé et Lyon on va les bouffer. »

Le 31 janvier, 15 ans après, les Verts gagnent le derby. Ils menaient déjà 2-0 à la mi-temps (doublé de Gomis), Aulas quitte alors la tribune présidentielle, furieux, tandis que Romeyer et Caïazzo viennent de lui offrir une carotte. L’ASSE contrôle en deuxième mi-temps, le public lyonnais réclame la tête de Puel et le retour de Perrin, à la 80° minute, les deux groupes ultras lyonnais quittent le stade, on se rend compte avec stupeur que les 20.000 spectateurs restants sont tous des supporters de l'ASSE.

Le 19 février, après une victoire contre Caen et un bon nul ramené du Parc des Princes, les Verts se déplacent en toute confiance au Pirée pour le match aller des 16èmes de finale de la Coupe UEFA contre l'Olympiakos. Ils restent désormais sur une série de huit matches sans défaite (dont cinq victoires) et se sont replacés à la 10° place du classement de L1. Dans une ambiance torride, les jeunes Verts s'inclinent 3-0, pas aidés par l'exclusion de Tavlaridis pris juste avant la mi-temps sur un deuxième carton jaune.

Le 26 février, après un nouveau nul en L1 contre Bordeaux (0-0), les Verts remontent le temps et étrillent l'Olympiakos 4-0, se qualifiant pour les 8èmes de finale de l'UEFA. Menant 3-0 après 10 minutes de jeu, ils doivent attendre les arrêts de jeu (90 + 5) pour voir Loïc Perrin marquer sur une superbe frappe des 25 mètres.

Le 4 mars, 8èmes de finale de la Coupe de France et derby inédit à Geoffroy-Guichard face à Andrézieux, qui a éliminé Sedan puis Rennes. L'ASF en très bonne position pour être promu en National démarre tambour battant le match et mène 2-0 à la mi-temps. Landrin, qui fait son retour, réduit la marque juste après la mi-temps, avant que Rivière ne marque son premier but en équipe première en fin de match. Plus aucun but ne sera marqué, les Verts passent aux tirs aux buts.

Le 12 mars, 8èmes de finale aller de la Coupe UEFA. L'AS Saint-Étienne devient le deuxième club français à battre le Milan AC à San Siro (0-1). La veille, l'OL a été éliminé de la Ligue des Champions par le FC Barcelone (0-3 à l'aller ; 6-0 au retour).

Le 19 mars, 8èmes de finale retour de la Coupe UEFA, soirée à suspense à Geoffroy-Guichard, les Verts jouent « à l'italienne » et tiennent en échec le Grand Milan 0-0 malgré une domination sans partage des hommes d'Ancelotti. Les Verts sont en quarts de finale.

Le 22 mars, portés par l'ivresse des Coupes, les Verts n'en oublient pour autant pas le championnat, ils sont toujours invaincus en L1 depuis le 13 décembre et une défaite à Toulouse. A dix journées de la fin, ils sont 7° au classement avec deux points de retard sur Lyon, 6°, et quatre d'avance sur Marseille, 8°. Parallèlement, on apprend que les finances de l'Olympique Lyonnais sont dans le rouge, Aulas déclare qu'une qualification pour la prochaine Ligue des Champions est vitale pour l'avenir du club.

Le 29 mars, quarts de finale de la Coupe de France, les Verts se rendent à Sochaux, lanterne rouge de L1, qui a décidé de ne pas aligner sa meilleure équipe pour cette rencontre. Le match est médiocre, Sainté s'impose sur la plus petite des marge grâce à Monsoreau.

Le 4 avril débute une série de quatre matches tout autant décisifs qu'excitants.
Cela commence par la réception de Marseille en championnat, que les stéphanois battent 3-0 grâce à un triplé de Gomis, qui prend pour l'occasion la tête du classement des buteurs.
S'en suit un déplacement sur la Canebière, le 9 avril, pour le compte du match aller des quarts de finale de la coupe UEFA, Pape Diouf met la pression sur Bafé en indiquant que le joueur a déjà donné son accord de principe pour rejoindre son club lors de la prochaine intersaison. Mal lui en a pris, l'international ridiculise une nouvelle fois Ronald Zubar et marque deux fois, la réduction du score par Niang en fin de match laisse présager d'un match retour grandiose.
Mais avant, les Verts doivent se déplacer chez le leader du championnat, Rennes, invaincu depuis la 2° journée, le 11 avril. Au terme d'un match très offensif, les deux équipes se quittent sur un match nul, Rennes et Sainté poursuivent leur série d'invincibilité.
Enfin, le 16 avril, le match retour de coupe UEFA contre Marseille est l'occasion de vivre un moment inoubliable, une rencontre époustouflante entre les deux plus grands clubs français de l'histoire. L'OM mène 2-0 à la mi-temps, Sainté est alors éliminé, la deuxième mi-temps sera magnifique et ponctuée de quatre buts de Verts qui se qualifient ainsi pour les demi-finales de la Coupe UEFA.

Le 22 avril, demi-finale de la Coupe de France, l'ASSE retrouve Guingamp, l'équipe qui l'avait humiliée en début de saison en Coupe de la Ligue (1-4), le match se joue au Roudourou et les Stéphanois rendent la monnaie de leur pièce aux bretons en s'imposant sur le même score.

Le 25 avril, Sainté est désormais 3° au classement de la L1, à la suite de deux nouveaux succès, contre Lille et Nice. L'OL est 4° et la troisième place qualificative devrait se jouer entre les deux équipes...

Le 30 avril, demi-finale aller de la Coupe UEFA face au Zenit Saint Petersbourg de Sébastien Puygrenier, accueilli par une bronca terrible de Geoffroy-Guichard. Le défenseur chauve perd tous ses (déjà peu nombreux) moyens et inscrit un doublé contre son camp dans le premier quart d'heure. Affaiblie durant l'hiver par le départ d'Andreï Arshavin pour Arsenal contre 45 millions d'Euros (ce qui a d'ailleurs causé la faillite de l'ancien club d'Arsène Wenger), l'équipe russe ne peut réagir et s'incline finalement 5-0.

Le 7 mai, le match retour est une formalité, Kevin Mirallas en profite pour revenir avec une fiancée Saint-Pétersbourgeoise, rencontrée à l'issue d'une technique de drague fort répandue en Belgique, la conversation avait commencé par : « Salut, t'es russe ? ». On est en Finale !

Le 9 mai, finale de la Coupe de France au Stade de France, l'adversaire des Verts est le FC Nantes, pour une recontre qui sent bon les années 70. Tellement bon que le match est un remake de la finale de la Coupe 70 quand les Verts écrasèrent les Canaris 5-0.

Le 16 mai, l'ASSE poursuit sa série d'invincibilité en championnat après avoir battu Nancy, Le Havre, Toulouse. Les Verts seront au pire 4° de L1.

Le 20 mai, la finale de la Coupe UEFA oppose Saint-Étienne à Bordeaux, assuré depuis le week-end-end-end dernier d'être champion de France, malgré le recrutement controversé à la trêve de Nivaldo, venu « renforcer » l'effectif girondin. Les Verts privent les Girondins d'un doublé et ramènent pour la première fois la coupe de l'UEFA en France.

Le 30 mai, au terme d'une dernière journée à suspense, Sainté écrase Valenciennes et s'assure la 3° place du classement aux dépends de Lyon, qui termine la saison à la 6° place et ne disputera pas de Coupe d'Europe la saison prochaine.

Juin, juillet, août, le mercato est un succès pour l'ASSE qui arrive à conserver tous ses meilleurs joueurs tout en renforçant sensiblement son équipe en vue de la prochaine Ligue des Champions. A Lyon, c'est la débandade, le club est obligé de vendre tous ses internationaux pour pallier le manque à gagner occasionné par la non qualification pour une Coupe d'Europe. Jean-Michel Aulas démissionne, Ladislas Lozano est nommé entraineur de l'équipe avec pour objectif le maintien.

Septembre, les Verts se sont qualifiés sans difficultés pour la phase de groupe de la Ligue des Champions et sont un solide leader invaincu de la Ligue 1. A Lyon, des irrégularités ont été constatés dans les comptes lors de la gestion Aulas. La DNCG enquête.

Octobre, après une brillante victoire sur le terrain du tenant du titre, Villareal, Sainté est premier de son groupe de Ligue des Champions. Après enquête, la DNCG confirme que les comptes de l'OL sont frauduleux depuis plus de 20 ans, elle demande le retrait de tous les trophées gagnés par le club depuis 1987.

Novembre, l'ASSE est le dernier club européen invaincu toutes compétitions confondues depuis le début de la saison. Dès la 4° journée de la phase de poules, les Verts sont qualifiés pour les 8èmes de finale de la Ligue des Champions. La LFP, désormais dirigée par Robert Herbin, décide de retirer à l'OL ses sept titres de Champion de France et relègue le club en Division d'Honneur.

Décembre, les Verts sont sacrés champions d'automne, Bafé Gomis remporte le Ballon d'Or, le trophée de meilleur joueur français de l'année et annonce son intention de terminer sa carrière à Sainté en signant un contrat de huit ans avec son club formateur.